Liczne badania naukowe wykazały, że fluor jest substancją niebezpieczną i szkodliwą dla kości i nerek. Istnieją także badania wskazujące, że może on wykazywać działanie rakotwórcze. Fluor jest toksyną mającą nieco wyższy poziom toksyczności niż ołów. Według Dental Public Service (amerykańskiej instytucji świadczącej usługi w zakresie leczenia stomatologicznego), ​​fluor jest przyczyną osłabienia kości (osteoporozy) oraz porowatości szkliwa.

W Stanach Zjednoczonych, począwszy od kwietnia 1997 r., etykiety past do zębów zawierających fluor muszą zawierać informacje o postępowaniu w sytuacji, w której ilość spożytej przez dziecko pasty do zębów będzie większa od ziarnka grochu. Zgodnie ze stanowiskiem Agencji Żywności i Leków,  ​​fluor jest nową substancją leczniczą, której skuteczność i bezpieczeństwo stosowania wciąż jest nieznane. Według niektórych badań,  osoby dorosłe mogą spożyć do 0,5 ppm  fluoru przy każdym myciu zębów. Małe dzieci mogą spożyć jego większą ilość, już jednak spożycie  0,4 ppm fluoru  może doprowadzić do uszkodzenia nerek („Niewydolność nerek a fluoroza”, Fluorine and Dental Health, JAMA 222: 783-785, 1972).

W Europie, zgodnie z dyrektywą Unii Europejskiej  nr /129 / CE, dotyczącą  regulowanych  związków fluoru, etykiety past do zębów zawierających fluor muszą informować o jego zawartości. W niektórych krajach wprowadzono zakaz sprzedaży produktów zawierających fluor.